Trong phần mới nhất, cộng đồng dị nhân đứng trước ngã ba đường. Họ phải lựa chọn tiếp tục bị xã hội xa lánh để giữ lại sức mạnh phi thường tạo hóa ban tặng, hoặc từ bỏ tất cả để hòa nhập với cuộc sống bình thường.

Bộ phim mở đầu khi một công ty tuyên bố đã tìm ra thuốc chữa bệnh “khác thường” của cộng đồng dị nhân. Tuy nhiên, rất nhiều người đang quen sống với những quyền năng đặc biệt - hậu quả của đột biến gene - không muốn quay lại với cuộc sống con người. Đứng đầu phái này là Magneto (Ian McKellen). Khi Jean Grey đội mồ sống dậy, bộ phim trở thành chiến trường giữa một Magneto nổi loạn với một giáo sư Charles Xavier (Patrick Stewart ) luôn muốn xây dựng hòa bình giữa thường nhân và dị nhân.

Liều thuốc hóa giải những tưởng sẽ giải thoát dị nhân, nhưng lại là nguyên nhân đưa dị nhân và con người vào cuộc đấu tranh quyết liệt. Cuộc chiến đó có thể kết thúc tất cả, để đưa ra phán quyết cuối cùng... Các nhà làm phim đã dựng cảnh đối đầu nghẹt thở, khi Magneto huy động đoàn quân ủng hộ mình tấn công trụ sở Alcatraz, nơi cất giấu phương thuốc có khả năng biến họ thành người thường. Vị thủ lĩnh điên cuồng có tài hút kim loại này đã tháo tung cây cầu Cổng Vàng danh tiếng, nâng lên không trung và biến thành con đường tiếp cận Alcatraz. Cả giám sát hiệu ứng John Bruno, đạo diễn Brett Ratner đều thừa nhận, đó là cảnh kịch tính và quy mô số 1 trong loạt phim X-Men. Bruno nói: “Đó là cơn thịnh nộ điên cuồng nhất của Magneto và cũng là cảnh quay sử dụng hiệu ứng kỹ xảo đẹp mắt nhất”.

Khán giả được gặp lại hầu hết các gương mặt quen thuộc trong 2 phần trước (ra mắt năm 2000 và 2003), từ Hugh Jackman trong vai Người Sói/ Logan với khả năng tự liền vết thương và bộ móng vuốt sắc nhọn, Halle Berry - cô nàng bão tố Storm có thể bay lượn và thao túng thời tiết, Patrick Stewart trong vai giáo sư Charles Xavier có khả năng ngoại cảm, đến Ian McKellen vai Magneto - dị nhân biết chế ngự từ trường và kim loại. Ngoài ra còn có Jean Grey (Jamke Janssen), người hồi sinh sau khi đã chết ở phần 2. Cô biến thành Phượng Hoàng Đen với những quyền năng hủy diệt, vô hạn và không thể kiểm soát. Cô trở thành mối nguy hại với con người và cả những người trong binh đoàn Magneto.