Dan Brown sinh ngày 22 tháng 6 năm 1964 và gia đình ở Exeter, New Hampshire, ông là con trưởng trong một gia đình có 3 anh em. Mẹ ông, Constance (Connie) là một nhạc sĩ chuyên nghiệp, chơi đàn organ trong nhà thờ. Cha ông, Richard G. Brown là một thày giáo dạy toán khá nổi tiếng, từng viết sách giáo khoa và dạy toán tại trường Trung học tư thục Phillips Exeter từ năm 1962 và nghỉ hưu năm 1997.
Trường Trung học tư thục Phillips Exeter là một trường nội trú độc nhất với yêu cầu các giáo viên cũng phải sống nội trú trong nhiều năm, vì vậy anh em nhà Dan Brown đã được nuôi dạy dưới mái trường này. Môi trường xã hội tại Exeter thời đó hầu như là môi trường Cơ đốc giáo.
Brown hát thánh ca trong nhà thờ, tham gia vào trường đạo và dành cả mùa hè để tham dự các cuộc cắm trại của nhà thờ. Tới năm lớp 9, Dan Brown bắt đầu ghi danh học tại trường công lập Phillips Exeter (khóa 1982), sau này, vào các năm 1985 và 1993, em gái Valerie và em trai Gregory của Dan cũng ghi danh học tại đây.